Bli Yasogami Kaoru, den yngste klasse A-detektiven i IDLA, en internasjonal detektivorganisasjon, og løs vanskelige saker som forvirrer veteranpolitimenn. Selv om spillet er delt inn i episoder, henger plotlinjene sammen og relasjonsnettet er så intrikat at det er en reell utfordring å finne den skyldige og hans eller hennes motiver. Spillet er delt inn i fire episoder og en prolog. Prologen demonstrerer dyktigheten til den yngste klasse A-detektiven i aksjon mens han løser en drapssak på et cruiseskip. Hovedhistorien starter ved den første episoden hvor Kaoru godtar en sak fra IDLAs direktør Connor, for å finne den legendariske detektiven Agyou Sohma som forsvant. For å løse saken, maskerte Kaoru seg som en klasse D-detektiv og gikk inn i Sohmas Shiawase-detektivbyrå. For å gjøre saken enda mer komplisert, har Shiawase Detective Agency akseptert en sak fra en fru Toudou for å fange den mystiske tyven Sapphire. Etter å ha løst Mrs. Toudou-saken, får Kaoru, fortsatt i forkledning, en annen sak å løse i episode to, han skal finne ut sannheten bak den mystiske brannen som brant mennesker i hjel i den lokale kirken, og samtidig finne ut av det kryptiske budskapet pastoren forlot før sin egen død. I episode tre får Kaoru en utfordring fra en annen klasse A-detektiv om å finne ut en morder blant fem hypnotiserte personer. Den store finalen i dette spillet ligger i den siste episoden. Klasse A-detektiver fra hele verden er invitert til Baron Kazamatsuris øde herskapshus for å løse en forutsagt drapssak. Sohma Agioh-navnet er på listen, og gamle fiender som den mystiske banditten Sapphire dukker opp. Kan Kaoru løse, eller til og med forhindre drapssaken og finne Agyou Sohma i denne store finalen?