Medical 91 er en visuell roman i japansk stil. Mesteparten av spillet går med til å lese og lytte til historien utfolde seg, selv om Yuna ofte vil bli gitt valg som vil få historien til å forgrene seg på forskjellige måter. På mange punkter er det mulig å bevege seg fritt gjennom hele sykehuset for å snakke med de andre karakterene om en rekke emner, og historien fortsetter først når de riktige samtalene har funnet sted. Det er også visse segmenter der spilleren må velge steder for å unnslippe forfølgelsen, samt unngå fangst i et timing-basert minispill.