Med den overraskende tilsynekomsten av labyrintene ble hele verden forandret. Mange eventyrere fordypet seg i disse labyrinter, på jakt etter rikdom, og det tok ikke lang tid før barna begynte å følge drømmene sine om å bli helter. For å hjelpe disse barna ble Adventurer Academies grunnlagt, for å forberede dem på deres farefulle reiser. Spillere starter på Particus Academy, det nyeste av akademiene, hvor de vil kunne sette sammen festen sin fra studenter, som hver kommer fra ett av de 10 tilgjengelige løpene, 15 yrker og 3 linjer. Hver rase har en annen holdning til de andre, og holder partikompatibilitetssystemet allerede omtalt i de forrige spillene. Akademiet fungerer som en hjemmebase, der studentene kan modifisere laget sitt, kjøpe/selge utstyr, øve på alkymi, helbrede/gjenopplive skadde partimedlemmer og ta på seg nye oppdrag. Labyrintene har en generell lignende layout, men noen få seksjoner genereres tilfeldig ved inngang, det samme er fiendens og gjenstandens plasseringer. Kamper er turbaserte, med en spenningsmåler som sakte fylles, slik at partiet kan slippe Gambitter løs mot fiendene sine. Hvis hele partiet blir beseiret i en av labyrintene, kan det som siste utvei sendes et redningsteam etter dem. Jo lengre tid redningsteamet bruker på å finne dem, desto større er sjansen for at visse gjenstander går tapt, eller til og med partimedlemmer kan dø permanent.