En mor forteller sønnen sin en historie om deres forfedre som kjemper mot monstre kjent som Terrus Firma for nesten et århundre siden, og at monstrene skal komme tilbake hvert hundre år. Denne historien inspirerte den unge gutten til å vokse opp som en sverdmann, slik at han ville være forberedt på å kjempe mot disse monstrene når tiden kom. En dag var den unge mannen ute med vennene sine, Myura og Zeno, da de blir angrepet av noen fiendtlige skapninger. På flukt fra monstrene finner de et gjemmested hvor de deretter blir møtt av en ung mann ved navn Xephon. Xephon gir dem en mystisk gjenstand, og når de får beskjed om å ta på et tre, blir de så fraktet tilbake i tid hvor de møter sine forfedre som ønsker å reise til nåtiden for å hjelpe til med å kvitte den fremtidige verdenen fra den innkommende Terrus Firma. Men forfedrene er ikke i stand til å transportere seg til fremtiden, så den unge sverdmannen ber forfedrene sine om å ta ham under sine vinger og trene ham slik at han kan kvitte verden fra Terrus Firma. Genso Suikoden: Tsumugareshi Hyakunen no Toki er et Suikoden-spill som foregår i et univers utenfor hovedkanonen Suikoden-serien, Spillet har ikke tilfeldige møter da spilleren kan se fiendene på skjermen og kan vanligvis velge når de vil gå inn i en turbasert kamp med en fiende eller ikke. Det snubaserte kampsystemet beholder standarden for seks partimedlemmer fra de tidligere Suikoden-spillene. Byer i dette spillet utforskes gjennom menyer i stedet for å gå fysisk gjennom. Som i de andre Suikoden-spillene lar spillet spilleren prøve å rekruttere 108 karakterer til sine styrker.