For 150 år siden reddet den legendariske krigeren kjent som den modige fekteren Musashi kongeriket Allucaneet fra den onde Wizard of Darkness. Nå er ånden hans reinkarnert i en ung, ganske kortvarig gutt. Fillet, prinsessen av Allucaneet, tilkaller den motvillige helten til palasset og gir ham det mektige sverdet Fusion, som han trenger for å beseire det onde Thirstquencher Empire. Det viser seg snart at imperiet er ute etter et annet legendarisk sverd, Lumina, så Musashis første oppgave er å få tak i det før skurkene gjør det!... Brave Fencer Musashi er et actionspill med sterke RPG-elementer. Ved å kontrollere Musashi, utforsker spilleren de forhåndsrenderte bakgrunnene fra tredjepersonsvisning (på samme måte som Final Fantasy VII), besøker byer, snakker med NPC-er, osv. Det er en dag/natt-syklus i spillet, som manifesteres i planene til NPC-er og/eller monstre, samt Musashis tretthetsnivå, som ikke øker nok hvis han sover. Musashi bruker de to sverdene, Fusion og Lumina, for å kjempe mot fiendene sine. De to sverdene har forskjellige egenskaper: mens Fusion oppfører seg mer eller mindre som et tradisjonelt nærkampvåpen, må Lumina være gjennomsyret av forskjellige elementære elementer for å slippe løs kraftige angrep.