Rugal Bernstein er en utrolig rik og beryktet våpen- og narkotikasmugler, i tillegg til en utrolig dyktig og hensynsløs fighter. Etter å ha blitt lei av mangelen på konkurranse, bestemmer Rugal seg for å arrangere en ny King of Fighters-turnering. Rugal får sekretæren sin til å reise til åtte destinasjoner rundt om i verden og invitere krigere til sin nye turnering. I motsetning til de tidligere KOF-turneringene som er avbildet i Fatal Fury-serien, er den nye King of Fighters en lagturnering, med åtte lag på tre, som hver representerer en annen nasjonalitet, som deltar denne gangen. De fleste karakterene kommer fra andre SNK-spill, som Team Italy, som er sammensatt av tre helter fra den originale Fatal Fury: Terry Bogard, Andy Bogard og Joe Higashi. De to heltene fra Art of Fighting (Ryo Sakazaki og Robert Garcia) er omtalt sammen med deres mentor og Ryos far (Takuma Sakazaki) utgjør Team Mexico. Team Korea har Kim Kaphwan fra Fatal Fury 2 som leder for to straffedømte han prøver å reformere Chang Koehan og Choi Bounge, mens Team England er en blanding av kvinnelige jagerfly fra Fatal Fury 2 (Mai Shiranui) og Art of Fighting-serien (Yuri Sakazaki, King). De to heltene fra Psycho Soldier (Athena Asamiya og Sie Kensou) danner Team China sammen med deres mentor, Chin Gentsai. På samme måte har Team Brazil heltene fra Ikari Warriors (Ralf og Clark) sammen med deres sjef Heidern. I tillegg har spillet to lag som utelukkende består av originale karakterer: Team Japan med Kyo Kusanagi, Benimaru Nikaido og Goro Daimon, og Team USA sammensatt av Heavy D!, Lucky Glauber og Brian Battler.