Stella Deus er et historiedrevet taktisk rollespill der spilleren kontrollerer en gruppe karakterer både plukket opp i løpet av historien og i sidehendelser. Verden navigeres ved hjelp av et oververdenskart ved hjelp av punkt-til-punkt-navigasjon, med et datosystem som viser hvor lang tid det tar å komme til et valgt sted. Ved siden av historieoppdragene kan Towns besøkes, der karakterer kan tilpasse og lage nye våpen og rustninger, selge eksisterende utstyr i bytte mot penger og handle gjenstander som helbredende drikke. I leire som er satt opp på en reise, kan karakterer bytte ut våpen og rustninger, utstyre gjenstander som helbredende eliksirer og nyttig sjarm for fremtidige kamper. Spesielle gjenstander som brukes i karakterutjevning kan også lages av spilleren. Ved siden av historiebaserte oppdrag er det et spesielt fangehull kalt Trials-katakomben, der karakterer kan kjempe og få erfaringsnivåer, og øke den generelle statistikken. Antall tilgjengelige nivåer i katakomben øker etter hvert som spillerne går gjennom spillet. Hver karakter har en spesifikk karakterklasse, som de beholder gjennom hele spillet og fortsetter å gå opp i nivå etter hvert som de får erfaringspoeng (XP). Høyere mengder XP tildeles for å utføre spesielle evner. Sammen med sverdmenn og bueskyttere er det alkymister (magere), prester (healere) og enheter som kjemper ved å bruke det meste fra økser til knyttnever. De fleste kamper utløses basert på historiehendelser, og fullføres når det angitte objektet er oppnådd av spilleren, enten det er å beseire alle fiender, beseire en sjef eller utføre en spesifikk oppgave. På slutten av hver kamp får spillerne en oversikt over prestasjonene deres og byttet. Spillet bruker det turbaserte Replaceable Action Position-kampsystemet, hvorav mye ble overført fra kampsystemet som ble brukt i Hoshigami: Ruining Blue Earth. Spillere navigerer feltet over et rutenettbasert kart, som kan inkludere hindringer som vannmasser og høye strukturer. Karakterposisjonering i miljøet kan brukes til deres fordel, for eksempel at en bueskytter oppnår høyere nøyaktighet når han er på et høyt punkt i nivået. Karakterhandlinger er ordnet i en bestemt rekkefølge, og hver karakters våpen dikterer angrepsrekkevidden deres. Hver gang en karakter utfører en handling, får de erfaringspoeng og ytterligere Skill Points (SP) som kan brukes til å kjøpe forsyninger eller øke individuell karakterstatistikk. Tre typer ferdigheter kan utstyres for karakterer: Action Skills, et spesielt angrep som spilleren utfører for en viss mengde magiske poeng (MP); Støtteferdigheter, som gir passive evner som å skalere høyere hindringer; og Zone Skills, som gir passive evner til både den utstyrte karakteren og de som er i nærheten av dem. Ved siden av Action Skills utløser to eller flere karakterer i kombinasjon unike spesialbevegelser kalt Team Attacks. Mengden skade som er gjort, avhenger av hvor mange karakterer som deltok i handlingen. Lagangrep øker også belønningene man får på slutten av kamper. Karakterers handlinger styres av deres lagrede Action Points (AP): en karakters tur begynner når AP-måleren deres er på 100. En karakters handlinger kan fortsette til måleren når 0, noe som betyr at de kan bevege seg og angripe flere ganger i sin tur. Mengden AP som brukes med hver handling avhenger av vekten på rustningen karakteren har på seg.