NARUTO: Ultimate Ninja STORM utvikler kamphandlingen i Ultimate Ninja-serien, og lar spillere kjempe i full 3D på tvers av enorme miljøer. Spillere slipper løs kraftige jutsu-angrep, utfører akrobatiske unnvikelsesmanøvrer og løper til og med oppover vegger og over vann mens de forfølger motstanderen for ninjas overherredømme. Spillere tilpasser karakterens kampstil og rekrutterer opptil to støttekarakterer for å sette sitt eget preg på handlingen. Hver karakter i spillet er i stand til å slippe løs kraftige Awakening-evner under visse spillforhold, og tilby nye egenskaper og talenter til spillets ninjaliste med 25 populære karakterer fra den animerte serien. NARUTO: Ultimate Ninja STORM støtter head-to-head flerspillerkamper for opptil to spillere. NARUTO: Ultimate Ninja STORM lar spillere fordype seg ytterligere i NARUTO-verdenen og introduserer en helt ny fri-roaming-utforskning over Hidden Leaf Village og Forest of Death. Spillere kan søke hver tomme av disse ikoniske miljøene for å ta på seg mer enn 100 unike oppdrag, samle verdifulle ruller og samhandle med flere karakterer fra NARUTO-animasjonsserien. Disse oppdragene gir ekstra variasjon til spillets hode-til-hode-kamp, ​​og inkluderer løp, spesialleveranser og store kamper mot massive motstandere.