Marvel vs. Capcom Origins tilbyr både en-til-en-spillingen til Marvel Super Heroes med sitt unike Infinity Gem-system og to-mot-to blodbadet av det originale Marvel vs. Capcom: Clash of Super Heroes, med et tag-system, assists og det ville Duo Team Attack. Marvel vs. Capcom Origins bringer frem en rekke funksjoner som aldri før er sett i disse spillene, og har GGPO-forbedret nettspill med 8-spillers lobbyer og tilskuermodus, HD-grafiske oppgraderinger, dynamiske utfordringer og replay-lagring.