Jade Cocoon 2 presenterer en kombinasjon av monsteravl og RPG-elementer, og utvider Genkis originale tittel på en rekke viktige måter. Spillet består av en kjent blanding av historiefortelling og monsterheving, med betydelige justeringer implementert for godt mål. Byen fungerer som din base for operasjoner, og det er her du kan fylle opp forsyninger, eller ta jobber du kan tjene penger på og bygge et rykte for. Sistnevnte viser seg å være avgjørende siden det er direkte relatert til antall monstre du kan bruke i kamp. Vellykket gjennomføring av visse tester belønner deg med muligheten til å kommandere flere beist -- opptil maksimalt 12 på en gang, men du kan bare ta disse testene når ryktet ditt er høyt nok. Disse prøvelsene finner sted i Arena, som også er hjemsted for Beast Hunter-kamper, hvor du kan teste evnen din mot andre Beast Hunters. Monsteregg finnes på dine reiser og kan klekkes i Livets rom; et altomfattende monsteradministrasjonsrom som gir detaljert informasjon om beistene og lar deg slå dem sammen og skape hybride skapninger. Monstrene utvikler seg nå også over tid. Amuletten din består av 12 spor, tre for hvert av de fire elementene. Dine skapninger er plassert i posisjoner på amuletten som tilsvarer deres posisjon i kamp, ​​og under kamp vil de angripe fienden og forsvare deg mot skade. Deres amulettposisjon dikterer også effektiviteten til deres elementære krefter. Historien starter 100 år etter det originale eventyret, med Cocoon Masters som har blitt myter og legender. Beast Hunters er den moderne ekvivalenten, og spillerne tar på seg rollen som Kahu; en aspirant Beast Hunter. Et tilfeldig møte resulterer i at Kahu blir forbannet, og han, sammen med en fe som heter Nico, må kvitte kroppen fra forbannelsen eller dø. Levant (hovedpersonen til den originale tittelen) er nå en verge og fungerer som din guide.