Far Cry 3-spillere trer inn i skoene til Jason Brody, en mann alene på kanten av verden, strandet på en mystisk tropisk øy avskåret fra sivilisasjonen. I dette ville paradiset hvor lovløshet og vold er det eneste sikre, vil spillerne diktere når, hvor og hvordan hendelsene i spillet utspiller seg. Spillere vil kutte, snike, detonere og skyte seg over øya i en verden som har mistet all følelse av rett og galt.