I 2642 e.Kr. forblir jorden arret etter tidligere romvesenkonflikter ettersom miljøproblemer vokser utenfor menneskehetens kontroll. 80 % av planetens befolkning ble fullstendig ødelagt av et feilfungerende hypermagnetisk våpennett under utviklingen. Bill Rizer, helten fra Alien Wars, ble holdt ansvarlig for hendelsen, så vel som for å ha myrdet partneren hans, Lance Bean, som skal ha prøvd å stoppe ham. Han ble gitt en dom på 10 000 år i kryogenisk fengsel. Men fem år senere, i 2647, står Jorden overfor en annen trussel da terrororganisasjonen «Blood Falcon», ledet av en mystisk og overmenneskelig kommandant, sprer panikk over verden. Den regjerende regjeringen, referert til som "Triumviratet", bestemmer seg for å løslate Bill Rizer før han fullførte dommen, i lys av hans tidligere suksesser med å forsvare jorden, i håp om å nøytralisere Blood Falcon. Lucia, en avansert cyborgsoldat bygget av myndighetene fra Dr. Geo Mandrakes forskning, blir sendt for å følge og hjelpe Bills bestrebelser. Bill finner etter hvert ut at Lance fortsatt er i live og faktisk er sjefen for Blood Falcon selv. Etter å ha beseiret Lance, avsløres det at romvesenene fra tidligere spill angrep fordi triumviratet i hemmelighet stjal en mystisk, kraftig "Relic" fra dem. Med denne informasjonen må Bill og Lucia konfrontere Triumvirate og avdekke hemmeligheten til den fremmede relikvien.