Spillet følger en historiebue fra Bakugan Battle Brawlers: New Vestroia ikke fulgt i Anime. Når Bakugan Interspace har en funksjonsfeil, blir spilleren sendt til en alternativ jord. På denne jorden tapte motstanden mot Vexos. Etter det tok Vexoene over jorden. Motstanden har kjempet mot Vexos og de ble truffet av en bjelke som ble brukt av Vexos' nyeste skapelse, Vexos Crystal, som bryter motstandens hansker og gjør dem ute av stand til å slåss. På grunn av at spilleren ikke blir påvirket av bjelkene, bestemmer han seg for å hjelpe motstanden med å beseire Vexos og prøver også å finne en vei hjem. Dette er også din spillkarakter.