Historien er en separat fortsettelse fra animeen og følger eventyrene til Saito og Louise når de får i oppgave å sjekke ut et bibliotek etter at rapporter om spøkelser som bor i det dukker opp. Under søket forsvinner Louise, og når de finner henne, oppdager Saito og mannskapet at Louise har mistet hukommelsen. Bibliotekaren forteller dem at de må gå inn i de forskjellige bøkene i biblioteket for å gjenopprette Louises minne. Så begynner Saito og venns eventyr inn i bøkenes verden. Bemerkelsesverdige endringer fra de andre oppføringene i serien inkluderer at "tsundere-måleren" blir omarbeidet fra en hakkstang til en gradientsirkelmåler, mens den også mangler de turbaserte kampseksjonene fra den første oppføringen.