Naoki Kazumi er en gutt hvis foreldre døde i en ulykke for fem år siden, og minnet hans fulgte med. Siden han ikke hadde noe annet sted å gå, bor han sammen med sin kusine Matsuri Shibugaki og foreldrene hennes. Hver morgen før skolen blir han vekket av barndomsvennen, Honami Fujieda, som fortsetter å fortelle ham at han ikke er barn lenger, men likevel kommer for å vekke ham. Disse vanlige, vanlige dagene ser ut til å strekke seg for alltid, helt til en dag oppe på skolens tak, mens Naoki tar en fredelig lur, faller en jente ut av himmelen. Denne jenta, kalt Mikoto Amagasaki, kommer fra 100 år i fremtiden, og hun gikk tilbake i tid med den hensikt å finne broren sin. Når Mikoto ser Naoki, tar hun feil av ham for broren sin.