SkyGunner er et 3. person flykampspill, med vekt på action. Spillere velger å ta rollen som enten Ciel, Copain eller Femme, hver med sin egen kampanje og unike flygeevner og spesielle ferdigheter. Spillere kan snu flyets retning opp, ned, til venstre og høyre, utføre tønneruller, bruke etterbrennere og bryte. Våpen håndteres av et komplekst målrettingssystem, som involverer to typer: "Look Targeting" og "Weapon Lock". Look Targeting tildeler ganske enkelt en bestemt fiende som sentrum av kameraet og kan veksles mellom når som helst. Spilleren må fortsatt manøvrere nær fienden og målrette dem med trådkorset for å skyte på dem. Avhengig av det valgte sekundære våpenet, kan spillere rulle trådkorset over vinglederen til en fiendtlig gruppe eller den sekvensielt ledende pistolen på et slagskip, slik at spilleren umiddelbart kan målrette multipler fra den gruppen. Det primære våpenet til hvert fly er et maskingevær som skyter rett frem. Mer destruktive sekundære våpen er også tilgjengelige, og inkluderer fyrverkerimissiler som skaper områdeeksplosjoner, hunderaketter som bremser og/eller immobiliserer mål og kryssmissiler som holder seg til mål og må skytes av et maskingevær for å detonere. Copain har også sitt eget våpen, Pumpkin Bomb som er en stor destruktiv bombe. Disse sekundære våpnene fylles automatisk opp med ødeleggelse av kjeder av fiender og/eller kombinasjoner. Kjeder/kombinasjoner er også måten å aktivere poengmultiplikatorer på, som påvirker hvor mye penger som er vunnet i hvert oppdrag. Ciel, Copain og Femme konkurrerer kontinuerlig gjennom hele spillet, og ofte gis bonuser (som raskere motorer) til karakteren med høyest poengsum i spesifikke oppdrag. Bonuspoeng tildeles også for spesifikke oppdragsbegivenheter.