Forbidden Siren 2 er den andre delen i Siren-serien. Spillet forteller historien om flere karakterer som blir fanget på Yamijima Island, en øy utenfor kysten av det japanske fastlandet. 3. august 1976 ble en undervannskabel kuttet, og all strøm til øya gikk tapt. Under den påfølgende blackouten forsvant alle øyboerne og øya ble øde. Tjueni år senere, i 2005, besøker en magasinredaktør ved navn Mamoru Itsuki øya for å forske på en artikkel når fergen han og en liten gruppe andre passasjerer er på kantrer, etter at den er truffet av en rød flodbølge. Kort tid etter ankomst krasjlandet en gruppe soldater på øya etter at helikopteret deres har motorproblemer. De må alle finne måter å overleve øyas "monstre", shibitoen. Spillet spilles gjennom flere karakterperspektiver, hver med sine egne styrker og svakheter, gjennom en overlappende tidslinje for den skjebnesvangre natten som veksler mellom nåtid og fortid. Historien kan utfolde seg på forskjellige måter med, i mange tilfeller, to eller flere forskjellige versjoner av et nivå, som vil ha litt andre mål enn originalen. Hvis spilleren er grundig og spiller gjennom disse valgfrie versjonene, kan historien og karakterene utvikle seg enda lenger enn før