En ny kløft åpner seg mellom jorden og det onde riket. Uvillige til å bukke under for de demoniske kreftene som truer Tokyo, verver folket talentene til Hibana. Med sverdet i hånden må hun alene kjempe mot legionen av Hellspawn og returnere fred til jorden. Slipp løs kjedeangrep for å ødelegge utallige fiender. Knus ondskap med kraftig Ninja Magic. Utfør ødeleggende angrep i luften og forsvarsmanøvrer. Kjemp på toppen av jagerfly, lastebiler i bevegelse og mer. Nightshade er den direkte oppfølgeren til Shinobi-vekkelsen fra 2002 og følger bedriftene til en kunoichi, en kvinnelig shinobi, ved navn Hibana.