I Nano Breakers futuristiske verden gikk nanomaskiner, som opprinnelig ble utviklet for å berike menneskeheten, plutselig galt. Maskinene begynte å høste blod fra mennesker og jern fra bygninger i et forsøk på å konstruere en hær av monstermaskiner. For å bekjempe denne trusselen, må du skjære deg gjennom horder av fiendtlige enheter for å redde verden fra apokalypse. Utstyrt med et kraftig plasmablad som endrer form, påtar du deg rollen som den ensomme helten, som må forsvare menneskeheten mot de dødelige nanomaskinene.