Kya og broren Frank har blitt transportert inn i en annen dimensjon, og når de ankommer blir de separert! Kya møter (og blir reddet av) de innfødte skapningene i denne verden (kjent som Nativs), men Frank blir tatt til fange av en farlig fiende kjent som Wolfens under styret av Brazul. For å gjøre vondt verre, får Kya vite at ulvene faktisk er de fredelige innfødte som har blitt tatt til fange og forvandlet, og Brazul er faktisk hennes lenge tapte far! Kya må nå begi seg ut på et oppdrag for å redde broren sin, samt finne en måte å gjenopprette Wolfen til deres Nativ-form og beseire Brazul. Kya: Dark Lineage er et actioneventyrspill. Du kontrollerer Kya og må utforske den fargerike verdenen hun har kommet til. Denne merkelige verdenen består av forskjellige flytende øyer med mange tunneler, plattformer, farlige livsformer og andre hindringer. Kraftige vinder blåser rundt mange områder, og du må ofte bruke vindene til din fordel ved å flyte i dem gjennom tunneler, over hull eller bremse nedstigningen i fritt fall. Det er litt gåteløsning også; du må finne gjenstander du kan bruke, hoppe på ulike plattformer, kjøpe gjenstander i Nativ-byen og mer for å nå nye områder. Du må også kjempe ofte, siden ulvene er mange og kan vokte mange områder du trenger for å komme deg gjennom. Du kan kjempe med nevene så vel som gjenstander som kan anskaffes (som forskjellige boomies, eller boomerangs og kamparmbånd). Etter å ha beseiret en Wolfen, kan du bruke en magisk trollformel for å transformere den tilbake til Nativ-formen, som deretter vil returnere tilbake til Nativ-byen. Når de kommer tilbake til byen, vil mange av innfødte åpne en butikk; etter hvert som nye butikker åpnes, vil du ha muligheten til å kjøpe nye varer og power-ups for å hjelpe deg med oppdraget. Alternativt kan noen Nativs i stedet bygge en utfordring i byen i stedet for å åpne en butikk. Du kan tjene penger ved å satse og fullføre utfordringsmål (eller du kan ganske enkelt øve på en utfordring). Etter hvert som du går gjennom spillet, vil historien utfolde seg til du (forhåpentligvis) lykkes i oppdraget ditt!