Gerdy, en gjeterlærling, legger ut på et oppdrag for å redde faren fra en ond trolldom. Reisen hans tar ham over en øy med forskjellige territorier, befolket av et utvalg av ville skapninger, som hver utgjør en del av en kompleks sammensatt næringskjede. For å hevne farens nemesis og gjenopprette godhet til øya, må Gerdy finpusse gjeterferdighetene sine og til slutt konkurrere i en turnering for å bli Mestergjeter. Herdy Gerdy er først og fremst et plattformspill med strategi- og puslespillelementer. Nivåene innebærer at Gerdy krysser farlige områder med tidsbestemte hopp, unngår eller ødelegger hindringer. Imidlertid er en betydelig del av spillingen dedikert til å samle forskjellige dyr, som fører dem inn på en trygg vei, på samme måte som Lemmings. Hvert av dyrene har sin egen oppførsel og ferdigheter (f.eks. svømming), noe som krever at spilleren bruker forskjellige taktikker for å fange dem.