I år 2096 utgjør Wanzer ("Walking Tanks" mecha) ryggraden i mange militære styrker. Det europeiske fellesskapet nyter en periode med relativ fred når det blir overrasket av plutselige angrep på tyske baser fra en mystisk styrke. For å undersøke, er det besluttet å sende EC Armour Tactics Research Corps, også kjent som "Durandal". Inne i Durandal, en ung nyrekrutt, befinner Elsa seg snart fanget i et internasjonalt komplott. I mellomtiden forsøker nasjonen Venezuela å løsrive seg fra de forente kontinentale statene (U.C.S.). UCS-styrker sendes inn for å gjenopprette orden og disponere guvernør Diaz. Under en rutinepatrulje, Sgt. Darril og patruljen hans er vitne til at et lastefly blir skutt ned. På vei for å undersøke, oppdager de snart at det var et fly som fraktet deler av Diaz sitt gull. For demoraliserte UCS-soldater som Darril lukter dette som mulighet... Front Mission 4 er et turbasert strategispill der handlingen veksler mellom to forskjellige operasjonsteatre: Elsa og Darril. Ved å kontrollere wanzer-kreftene til begge karakterene, fortsetter historien samtidig. De fleste kampene finner sted på et overliggende kart delt inn i en spillerfase og en fiendefase. Vanligvis kan en wanzer bevege seg én gang og bruke sine gjenværende Action Points (AP) til å skyte mot fienden eller bruke en evne. Suksess i kamp tjener Experience Points, som byttes inn for nye evner, for eksempel Rapid Fire- eller Evasion-bonuser. Hver karakter har en satt grense for ferdighetsspor, som fylles opp forskjellig av evner. Mens hver karakter starter med en preferanse i ferdigheter, er det ingen begrensning på hva enhver pilot kan lære. Penger, funnet på kartet (sammen med gjenstander) eller tjent etter en vellykket kamp, ​​kan brukes til å oppgradere wanzere og kjøpe nye våpen.