Dragon Sisters er satt 100 år etter den store krigen, og den østasiatiske staten har det ikke særlig bra. Konstante kriger og naturkatastrofer har ødelagt økonomien, så de bestemmer seg for å angripe naboriket i håp om å kidnappe noen forskere og andre dyktige individer. Ettersom Empire er et fredselskende land, beseirer Øst-Asia styrkene deres på bare tre dager. Heldigvis er det Kiku og Hanna, to høyt trente cyborg-soldater med bare ett mål: å beskytte Empire og dets innbyggere. Dragon Sisters er et 3D-kampspill for en eller to spillere i stil med Fighting Force eller Streets of Rage. Spillets ti etapper avsluttes med en sjefskamp. Etter hvert som spillet skrider frem, får karakterene erfaring ved å samle kuler fra de falne fiendene. Disse kulene lar deg oppgradere karakterenes evner som hastighet, kraft og helse. Mens du kjemper, kan forskjellige typer angrep kombineres for å danne store kombinasjoner.