Deep Water er et actionskytespill for én spiller satt i en postapokalyptisk verden hvor atmosfæren har endret seg etter en uspesifisert katastrofe. Du tar nå på deg rollen som en ung mann ved navn El Shipak som jakter på sjømonster for å leve. For seks måneder siden har Shipak sett et spesielt monster, og han er nå besatt av å jakte på det. Gameplay inkluderer seiling rundt havene med El Shipaks-båt. I havet er det flytende havner hvor forsyninger som drivstoff og ammunisjon kan kjøpes for å jakte på monsteret. Her kan spilleren også kjøpe bedre våpen og oppgradere skipet sitt. Ved havnen kan spilleren også ta på seg oppdrag. Oppdrag involverer vanligvis å seile til et bestemt område og skyte ned fiender fra dekket på skipet ditt. Manøvrering av skipet og bekjempelse av fiender kan ikke gjøres samtidig. Hvis du kjemper mot fiender, kan spilleren bevege seg fritt over skipets dekk.