Det er år 2301. Mennesket har terraformert Mars til en vakker vannplanet, og har omdøpt den til "Aqua". Bygget på den er Neo-Venezia, en nøyaktig kopi av gamle Venezia, med vakre vannveier, palasser og torg. Akari Mizunashi, en 15 år gammel jente kommer fra Man-Home (tidligere kjent som Earth) for å bli gondolierelev i et selskap som heter Aria Company. Selskapet ledes av Alicia Florence, en av de tre beste gondolierene, også kjent som de tre vannfeene. Gjennom hard trening har Akari som mål å bli Prima selv. Mange møter og mystiske hendelser vil garantert følge på denne miraklenes planet.