Innstillingen for spillet er den samme som det forrige spillet: planeten Ar Ciel, om enn sentrert om en annen region denne gangen. Tower of Ar tonelico fra Metafalss er forskjellig fra tårnet i det første spillet siden det ikke ser ut som et tårn i utgangspunktet, men fortsatt har noen av de samme essensielle fasilitetene (Rinkernator, Plasma Bell (representert som Lift Generators) og Musical Corridor). Song Magics brukes fortsatt som programmer, men i dette tårnet er det to Song Magic-servere: Sol Marta-serveren og Infel Phira-serveren. Sol Marta-serveren er plassert i den øvre sonen av tårnet, og fungerer som en stasjonær satellitt. Den er samlokalisert med S. P. U. og Rinkernator og er hovedserveren for tårnet. Infel Phira-serveren er plassert i en satellitt som går i bane rundt himmelen rundt tårnet og deler navnet med nevnte server. Sol Marta-satellitten er en reléstasjon som brukes til å øke rekkevidden av Song Magic-bruken til det første tårnet, så den fungerer med samme type salmer og utfører EXEC-variasjonen av salmer. I tillegg har den også funksjonen til å motta energi fra det første tårnet og sende det til det andre tårnet. På den annen side jobber Infel Phira-serveren med en annen type hymmnos kalt Pastalia hymmnos, og utfører METHOD-variasjonen av salmer.