Den japanske utgivelsen, Winning Eleven 3, ble utgitt på nytt i 1999 som Winning Eleven 3: Final Ver.. De store endringene og forbedringene har vært fokusert på grafiske og statistiske oppdateringer i stedet for på selve motoren. De viktigste forskjellene fra originalen er: Hele spillets utseende er mindre levende for å øke nivået av realisme. Noen hjemme-, borte- og keeperdrakter har blitt oppdatert (inkludert All Star-lagene). Utseendet til mål og nett er endret. Lagene har blitt oppdatert for nøyaktig å gjenspeile 1998 FIFA World Cup-lag, antallet spillere i lagoppstillingene er også utvidet til 22. Tre vanskelighetsgrader i stedet for fem: lett, middels og vanskelig. Valget av kamplengde er utvidet til 30 minutter i intervaller på 5. Kampinnstillinger i utstillingsmodus inkluderer nå valg av drakter, forlenget periode, straffesparkkonkurranse og gullmål. Under cupmodusen er statistikken over scoringer og assists lagt til. Imitasjonen av Stade de France, arenaen for FIFA verdensmesterskap i 1998, er lagt til som et nytt stadion. De umiddelbare reprisene etter de mest interessante øyeblikkene som tapte skudd, fouls eller offsides har blitt implementert i løpet av kampen. De mest merkbare endringene under spillet dekket forbedret skuddsystem og ekstra kraftslidestang under hjørnespark. En ny en-to-pasningsmetode er lagt til, slik at den første spilleren kan passere og løpe uten at den andre spilleren trenger å returnere ballen umiddelbart. Dette nye trekket ga mye mer variasjon til spillet.