Historien om Twilight Syndrome: Saikai fokuserer på fire japanske tenåringer: Yuri, søsteren hennes Masa og vennene deres Atsushi og Aya. Det hele begynner når ungdommene hører rykter om brennevin i skolebygningen. Om natten går Yuri og vennene hennes inn på skolen og spiller et åndsoppkallende spill. Plutselig dukker det opp ekte spøkelser og skremmer tenåringene bort. Dagen etter er Yuri nesten klar til å tro at det hele var en drøm... men det var det naturligvis ikke. De tapte sjelenes mørke hemmeligheter kommer til å bli avslørt bare for de som har en spesiell sans - Twilight Syndrome.. Den tredje oppføringen i Twilight Syndrome-serien er også et skrekkeventyr, som deler de fleste spillelementene med sine forgjengere. Spillet her er veldig minimalistisk: spilleren kan navigere i 3D-modellene til heltene (flere karakterer kan kontrolleres samtidig, som en gruppe) gjennom de begrensede områdene (også gjengitt i 3D), søke etter ledetråder og flykte fra fare. Det er ingen annen interaksjon, ingen brukbare gjenstander og ingen kamp. Dialog og handlingsvalg vil dukke opp i mange situasjoner. Noen av disse valgene påvirker ikke fortellingen, mens andre kan endre den følgende dialogen, og også føre de unge heltene til for tidlig død. En ekstra spillmodus (ved siden av historiemodusen) er frittgående utforskning for Yuri, som kan utforske skolen og dens omgivelser om natten og samle flere historier fra spøkelsene hun møter.