Kort tid etter hendelsene i Alpha, har Earth Federation dekket over mange av hendelsene i den klimatiske kampen med antagonisten Aerogaters, men tyngdekraftens sjokkbølge fra detonasjonen av Excelion (fra Gunbuster) i slaget ved solsystemets absolutte forsvar nærmer seg raskt jorden, og truer med å utslette romkoloniene og planeten. Jordens eneste håp er Aegis-systemet, som kan skjerme jordsfæren fra sjokkbølgen. Dessverre blir heltene sendt til en alternativ fremtid, hvor jorden har blitt herjet av bølgen. Stilt overfor en ny trussel i form av forfedrene, må heltene finne en måte å vende tilbake til sin tid og forhindre at denne alternative, dystopiske fremtiden skjer.