Johnson, en arbeider for et futuristisk handelsselskap, ble vekket en søndag morgen av sin robothjelp, Ben. Ben foreslo at Johnson skulle gå til Trip Movie Corporation (TM Company), et selskap som lar gjestene sine oppleve en drøm som om den var ekte. Johnson ba om å bli kongen av Harlem, omgitt av vakre kvinner og kommanderende en kampstjerne. I sin drøm utforsket Johnson som "Cobra" verdensrommet sammen med sin partner Lady Armaroid. Cobra brukte "Psychogun" og kjempet mot monstre fra andre planeter og mest av alt Pirate Guild, lederen var kaptein Vaiken som han slapp løs. Vaiken distribuerte Cobras bilde til alle de andre piratene, noe som gjorde ham til en ettersøkt mann. Da drømmen tok slutt, spurte en kvinne Johnson hvordan drømmen var, Johnson svarte, og kvinnen korrigerte til at det burde ha handlet om at han var kongen av Harlem. På Johnsons vei hjem kjørte han inn i en mann som kjørte for fort i bilen hans. Han kjente igjen mannen, som så identisk ut som kaptein Vaiken. Johnson begynte å forklare hvordan han så ut som Vaiken rett foran seg, og fikk dermed Vaiken til å tro at han visste noe om Cobra. Johnson løftet ubevisst høyre arm som om han hadde en pistol. Johnson skjøt en stråle ut av hånden hans og drepte Vaiken. Skuddet sprengte armen hans og avslørte Psycho-pistolen. Johnson skyndte seg hjem igjen, hvor Ben la merke til armen hans og Johnson skjønte at han ikke husket noe fra de siste tre årene han hadde bodd i huset sitt. Johnson så inn i et speil, som han snudde en nob for å avsløre et hemmelig rom bak det, som han så inn for å se revolveren hans som han brukte i drømmen. Lady Armaroid kom ut fra å gjemme seg i Ben. Johnson begynte å huske mer, og i det øyeblikket ble mange mennesker rekruttert av Pirate Guild for å komme inn og drepe Johnson. Johnson drepte de rekrutterte menneskene og begynte å huske at han er Cobra og han var ettersøkt av Pirate Guild og han var lei av å kjempe mot dem. For å komme vekk fra dem endret Cobra ansiktet hans kirurgisk og fikk slettet minnene hans. Lady Armariod fortalte Cobra at Trip Movie trigget hans underbevissthet og i stedet brakte tilbake gamle minner. Nok en gang drar Lady Armaroid og Cobra til alle eventyrene som dukker opp. Cobra møter senere Jane Royal, en av de kongelige søstrene, i en bar. Jane Royal slår seg sammen med Cobra og Lady for å finne de to andre Royal-søstrene, hvis tatoveringskart fører til den største skatten i hele universet. Space Adventure Cobra - The Psychogun er et interaktivt tegneseriespill der spilleren kan velge hvilket kapittel som skal vises, og det er også en automatisk avspillingsfunksjon.