Dette spillet er en port kun for Japan i det tredje spillet i Puyo Puyo-serien som opprinnelig ble laget for Arcades av Sega. Navnet på Puyo Puyo Sun kommer fra et japansk ordspill på "san", og indikerer også en ny Ojama tatt med i spillet. Ettersom Sun Puyos ble brukt i dette spillet, og spillet i seg selv ikke bare ligger på en tropisk strand, men er det tredje i serien (三, "san" er det japanske ordet for tallet 3), passet navnet til spillet. Ketteiban (Definitive) utgaven av spillet introduserer en nazo puyo puslespillmodus. Ominnspilte lydspor og stemmeskuespill, med lydspor av høyere kvalitet fra arkadeversjonen som kilde. Akkurat som forgjengerne faller Puyos fra toppen av skjermen i par, kan flyttes til venstre og høyre, og kan roteres 90° med klokken og mot klokken. Regelen til Sousai og Zenkesei var fortsatt, men hver gang du motarbeidet, falt spesialsøppel på skjermen i et forhåndsinnstilt mønster. Men hver gang du tømte skjermen, falt Sun Puyos på skjermen, og All Clear-bonusen ble fjernet. Spillet har 3 historiemoduser med sin egen karakter og vanskelighetsgrad: Draco Centauros (Easy), Arle Nadja (Normal) og Schezo Wegey (Hard).