Ninja er et fartsfylt actioneventyr i arkadestil. Spillet har svært detaljerte miljøer, et bredt spekter av spesialeffekter og enorme sjefer på slutten av nivået. Når du tar på deg rollen som den unge ninjaen Kurosawa, må du lede ham gjennom en rekke stadig vanskelige miljøer. Ninjaen er i stand til å samle trylledrikker, ruller, ekstra liv, energi og våpen gjennom nivåene for å hjelpe ham på hans søken.