Misa no Mahou Monogatari - Heartful Memories forteller historien om en skapning som fikk oppdraget fra dronningen av en magisk verden kalt Firimu, om å reise til den menneskelige verden og finne en ung jente for å trene henne og få henne til å bli en tarotmagiker og på den måten vil hun bli mesteren som vil beseire de onde kreftene som ønsker å erobre den magiske verdenen og menneskene. Spillets historie finner sted på den videregående skolen og varer i fire år med trening (på en japansk videregående skole fra tredje klasse til sjette), hovedpersonen i spillet er Misa, og i løpet av den tidsperioden vil hun måtte trene opp evnene sine, møte forskjellige mennesker og klassekamerater, og møte fiender i den menneskelige verden. Spillet er en blanding mellom et eventyrspill og et simuleringsspill, spillerkarakteren vil få bedre eller dårligere statistikk avhengig av treningen som gjøres hver uke, og hennes forhold til andre karakterer vil også være forskjellig avhengig av valgene i samtalene.