Følg den vittige og kvinnelige privatetterforskeren Kojiroh Amagi, og den vakre rødhårede hemmelige agenten Marina Hojo. Hendelsene i spillet finner sted kort tid før hendelsene til "Eve Burst Error". Kojiroh jobber på Katsuragi detektivkontor sammen med kjæresten Yayoi. Dr. Nishina, lederen av et genetisk forskningsanlegg, ansetter Kojiroh for å undersøke forsvinningen til sønnen Shin. Samtidig får Marina et oppdrag fra sjefen Kono, som går ut på å våke over en representant for et amerikansk selskap. Som i alle EVE-spill fremstår de to historiene som ikke-relaterte i begynnelsen og blir gradvis knyttet sammen senere i spillet. Har du noen gang lurt på hva som var Marinas forrige oppdrag, hvem jobbet Kyoko Himuro med før, eller hva som skjedde med Genzaburo Katsuragi da han fortsatt var sjef for Katsuragi-detektivkontoret? Vil du vite mer om den tiltalende hovedpersonen Kojiroh Amagi? «Eve Zero» gir svarene på disse spørsmålene.