Følg den kvinnelige detektiven som heter Kyoko, og den mystiske slangen, mens de prøver å løse et komplekst mysterium fullt av svik og politiske intriger. Kyoko er en agent som etterforsker en drapssak. Hun er mye mer pratsom; hun kommer med mye flere kommentarer, møter flere mennesker, hennes tenkning er mindre gåtefull, motivene hennes klare. På den annen side er Snake mye mer mystisk. Det er ikke mulig å vite hans sanne identitet, målet hans er ukjent, og det er umulig å si hvem sin side han står på. Opplev den direkte oppfølgeren til en av de største visuelle romanene som noen gang er laget i et eventyr som strekker seg over 4 CD-ROM-er.