I tradisjonen til Bust-A-Move-serien er Taito's Bust-A-Move '99 et tradisjonelt puslespill. Hovedmålet er å ødelegge eller bli kvitt (ved å slippe) alle boblene på scenen. Når du har gjort dette, vil du oppgradere til neste nivå. Selv om premisset kan høres enkelt ut, er ikke logikken og utførelsen det. Ved å bruke en "bobleskyter" må du sikte og skyte boblene dine til toppen av skjermen slik at du kan bringe tre bobler av samme farge sammen. Når du gjør dette, vil boblene sprette. En måte å tjene poeng på er å få boblene og boblen som ble skutt til å falle av skjermen (i flerspiller setter det disse boblene på motstanderens side). Dette gir deg også mye mindre bobler å ta vare på. Det faller stadig bobler ned. Å sprette dem alle på kort tid er nødvendig fordi jo lengre tid det tar deg å få dem alle, jo raskere vil de falle. Hvis du ikke klarer å fjerne alle boblene og de når bunnen av skjermen, er spillet over. Bust-A-Move '99 inneholder noen nye alternativer som aldri er sett i Bust-A-Move-serien. Det er nå spesielle bobler (stjerne, metall og regnbue for å nevne noen), hindrende bobler og blokker og nye bakgrunner. Du får også muligheten til å lage dine helt egne scener med lag-et-nivå-editoren.