Wonder Momo er en løs parodi på en typisk superheltserie i Ultraman-stil, og bruker en da sjelden kvinnelig hovedperson. Når spillet først startes, blir spillere behandlet med en parodi på MGM-logoen med Momo i stedet for en løve og en "Modoki" i stedet for en maske. Spillet går deretter til en scene på en teaterscene, der et skuespill begynner med Momo, en ung kvinne som får superkrefter. På dette tidspunktet gir spillet spilleren kommandoen over Momo. I stedet for å spille en helt som trenger å redde verden, er settingen et live sceneshow (satt på "Namco Theatre"), og spilleren kontrollerer faktisk en skuespillerinne som bare spiller rollen som Momo/Wonder Momo. Spillet inneholder også stemmeprøver på japansk. Som Momo kan hun bare angripe med spark, og bygger dermed opp "Wonder"-måleren hennes. Når hun berører et tornadoikon, eller snurrer rundt alene, kan hun bli til Wonder Momo og kan også angripe ved å bruke Wonder Hoop, som kan gjenbrukes så lenge hun er Wonder Momo. Etter at Wonder Hoop er kastet, vil hun ikke være i stand til å kaste lenger, mens hun må vente på at den spretter tilbake til henne. Hun kan også skyte små bølger av energi i hvilken retning hun vender (mens hun huker seg sammen), som er basert på det lignende trekket til Ultraman-karakterene. Hennes kraftigste angrep er Wonder Typhoon - en kraftigere versjon av hennes små energibølgeangrep som skyter mange mengder små energibølger mot venstre og høyre side av skjermen samtidig, mens hun snurrer. Spillet er kjent for å ha litt risqué innhold for tiden, i form av fanservice (på Momos regning). Når Momo hopper, kan spilleren synlig se undertøyet hennes. Momo må også være på vakt mot fotografer i teaterpublikummet, som er fast bestemt på å få en titt under miniskjørtet hennes. Hvis en lykkes, vil Momo bli "flau" (forbløffet) i en kort periode. I tillegg er et av bildene som vises på teatergardinen (i begynnelsen og slutten av noen akter) Momo som bare har på seg et håndkle.