Super Darius II finner sted en gang etter det første Darius-spillet. Den koloniserte planeten Darius er i ferd med å komme seg etter invasjonen fra den fremmede Belser-hæren takket være spillets helter Proco og Tiat. Darius' innbyggere har siden lokalisert seg på planeten Olga mens Darius' samfunn, arkitektur og angrepne områder ble reparert. Romfartshovedkvarteret etablert på Olga fanger opp et SOS-signal som kommer fra jorden, hvor de første kolonistene oppsto før de koloniserte Darius. Signalet inkluderte beskrivelsen av fremmede skip som ligner på Belser-hæren. I mistanke om at dette kan være deres gjenværende jordiske forfedre, sender folket i Darius både Proco Jr. og Tiat Young for å hjelpe dem. Super CD-ROM-versjonen har et helt nytt sett med sjefer, store endringer i nivåer og et fullstendig arrangert lydspor inkludert nye sanger. Spillet er satt i den indre halvdelen av solsystemet, og har samme forgreningsnivåstruktur som Darius. De røde/grønne/blå powerupene fra det første spillet kommer tilbake, og har samme funksjon: henholdsvis oppgraderinger til "missil" hovedvåpenet og "bombe" undervåpenet, og et skjold for å absorbere noe skade. To nye power-ups ble lagt til: en gul powerup som legger til et nytt "laser" hovedvåpen som fungerer litt på samme måte som bombene, og en regnbue powerup som gir én oppgradering til alle spillernes våpen. Faktisk er det å anskaffe disse powerups og oppgraderingsveien helt forskjellig fra Darius: en formasjon av en spesifikk fiende må bli fullstendig ødelagt (og en gitt formasjon har kanskje ikke en powerup), og hver enkelt powerup gir nå en slags oppgradering. Videre oppgraderes de forskjellige våpnene annerledes, selv om skjoldet oppgraderes på samme måte som før. En annen nyhet i Darius II er utseendet til minibosser kjent som "kapteiner"; store fiender som dukker opp et sted i nivået foran hovedsjefen. I Darius II er dette alle mindre versjoner av sjefer fra det første spillet, med lignende evner.