Protöthea er et rullende vertikalt skytespill med 3D-grafikk spilt fra et ovenfra og ned perspektiv. Kontroller for bevegelse og sikting av våpen er separate, med spillere som manipulerer en siktemarkør på skjermen, lik Geometry Wars. Spillerne får i oppgave å ødelegge en asteroide, Maqno 01, og eliminere en fiendtlig fraksjon ved navn The Core som ønsker å gruve den og andre som den for å bygge en hær av krigsmaskiner. Wii-versjonen av Protöthea bringer en rekke tilleggsfunksjoner til spillet, inkludert flere nivåer, fiender og power-ups, i tillegg til forbedret og redesignet grafikk. Kontroll er også designet for å dra nytte av Wii-fjernkontrollen, med pekerfunksjonen som brukes til å sikte på målmarkøren, og Nunchucken som brukes til å flytte spillerens skip.