Hovedpersonen i Phantom Brave er en 13 år gammel jente som heter Marona. Etter å ha mistet foreldrene sine i ung alder, bor Marona på Phantom Isle i landet Elfenben med et fantom som heter Ash. Mens han fortsatt levde, jobbet Ash sammen med Jasmine og Haze (Maronas foreldre) som en Chroma, en slags dusørjeger. På et oppdrag på Isle of Evil angrep et fragment av et ondsinnet vesen kjent som Sulphur gruppen og såret dem dødelig. Ved å bruke den siste av livsenergien sin forsøkte Haze å gjenopplive Ash etter slaget. Imidlertid var det bare nok liv igjen i ham til å bringe Ash tilbake som et fantom. Haze og Jasmines døende ønske var at Ash skulle passe på deres daværende spedbarn datter Marona.