Phantom Brave er en strategi RPG som finner sted i Elfenbens verden. Elfenben består av store hav og mange øyer; det pleide å være et fredelig sted, men en eldgammel (og mektig) kraft truer nå livet i de forskjellige landene. Karakteren du kontrollerer i spillet er Marona, en 13 år gammel foreldreløs jente. Marona har evnen til å kommunisere med fantomer, en evne som bringer mye harme fra andre mennesker, men som vil hjelpe henne å gå ut i verden og løse problemene som oppstår. Et fantom kjent som Ash fungerer som Maronas vokter; etter hvert som spillet skrider frem, vil andre fantomer bli med på festen din, som hver har forskjellige muligheter. Spillet har et turbasert kampsystem. Under kamper er Marona i stand til å angripe fiender selv, og hun kan også tilkalle fantomer i partiet for å hjelpe. For å tilkalle fantomer, må du begrense dem til et objekt på skjermen (som en stein eller et tre). Når du er begrenset til et objekt, vil du kunne kontrollere fantomet i kamp, ​​selv om fantomene kun forblir kontrollerbare i et begrenset antall svinger. Objektet du begrenser et fantom til vil påvirke dets evner; for eksempel kan en stein gjøre et fantom sterkere, men bevege seg langsommere. Ved å beseire fiender i kamp tjener du erfaringspoeng som lar deg gå opp i nivå og bli kraftigere.