Denne gangen tar imidlertid Nights en litt annen vending. I tråd med "drømmenes verden"-temaet – det ville ikke vært Nights uten det – vil spillerne ta kontroll over Will og Helen, to små barn som hver går inn i Nightopia (drømmenes verden) med sin egen bakhistorie, emosjonelle bagasje og indre demoner som våkner til liv gjennom dannelsen av mareritt. Det er et ganske enkelt konsept totalt sett, og med hvert barns fem hovednivåer får du en annen del av historien som leder frem til den samme store finalen. Når de ankommer drømmenes land, møter hver karakter en Nights nesten umiddelbart, og derfra lærer de å smelte sammen med den mystiske skapningen og fly gjennom Nightopias verden. Underveis vil du lære om søken etter å finne den skjulte Ideya (i utgangspunktet essenser av den menneskelige ånd), og til slutt forsøke å beseire en mektig gudlignende skapning ved navn Wizeman og hans høyre hånd Reala.