Kaptein Olimar har vendt tilbake til Pikmins nye farger i et vilt, åpent eventyr – og denne gangen har han tatt med seg en assistent. Selskapet han jobber for går konkurs, og for å redde det har Olimar kommet for å berge skatten som er begravd under planetens overflate. Selskapets gjeld er hele 10 000 Pokos.