Spillet inkluderer tre spillmoduser som er nye for serien. Narutos transformasjon har nå tre haler. En annen ny funksjon er Senzai Ninriki (oversatt i Clash of Ninja Revolution 3 som Latent Ninja Powers), der hver karakter lyser en viss farge når de treffer lav helse/krisemodus. Ligner på å få nye spesialiteter i krisemodus fra det første Revolution-spillet og på forhånd Naruto: Gekitō Ninja Taisen! 3, Senzai Ninriki er en spesiell krisemodus som gir visse effekter avhengig av karakteren, for eksempel Naruto og Temaris bakoversterke angrep bruker ikke lenger opp chakraet, Hinata kan chakra kansellere angrepene hennes uten chakrakostnader, Kakashi gir skade gjennom vakt med alle angrepene sine, Neji og Gaara avleder automatisk prosjektiler mens de står stille, slik at visse bevegelser blir ublokkerte. De fleste av karakterenes Senzai Ninriki-effekter endres i Naruto Shippūden: Clash of Ninja Revolution 3 og utover. En av spillets nye moduser er «Hurricane Clash Mode», som også er omarbeidet til den nye historiemodusen som er original fra hovedhistorien. I denne modusen kontrollerer spilleren karakteren sin i et fullstendig 3D-bevegelsesperspektiv og kan ta på seg horder av ninjaer på en beat-em'up-sjangermote, med mange karakterbevegelsessett som er reweaket kun for denne modusen. Denne stilen har ikke dukket opp i noen senere Gekitou Ninja Taisen/Clash of Ninja-spill siden den gang. Dette spillet ble kun utgitt i Japan.