Det fredelige og velstående solsystemet Junos lå ved enden av Melkeveien. De som kalte dens fem planeter hjem hadde ingen anelse om hva som var i ferd med å skje... Halcyon, hersker over det fjerde imperiet, fikk Junos markert som sitt endelige mål i den galaktiske massakren, og hadde sendt hoveddelen av angrepsstyrken sin inn med ett enkelt formål – eliminering av alle livsformer i systemet, og byggingen av en gigantisk festning på hver av de fem galaksene som skulle styres fra. Galaxy Force II er ikke en ekte oppfølger til det originale spillet, men en forbedret versjon av originalen. Den ble utgitt omtrent to måneder etter utgivelsen av den første delen, og gjorde den derfor foreldet.