Spillet i Galaga '88 er bygget på samme premiss som det originale Galaga-spillet, men er på mange måter mer komplekst og vanskeligere. Spillet er delt inn i en serie på 29 stadier fordelt på åtte verdener. Stjerneskipet Galaga akselererer mellom etapper og verdener og til og med til høyere dimensjoner (gå til delen om Dimensional Travel nedenfor for å finne ut mer). Med unntak av den tredje og åttende, kulminerer hver verden i en utfordrende etappe. Det er seks slike stadier å engasjere seg i ethvert fullstendig spill, og hver begynner med kunngjøringen på skjermen "That's Galactic Dancin'!" og har sin egen YM2151-genererte sang som fiendens formasjoner danser til. I et gitt utfordrende stadium skal både utformingen av fiendene og deres danseformasjoner variere i henhold til spillerens nåværende dimensjon. Som i Galaga, er målet å ødelegge alle førti fiender før de flyr bort fra skjermen. Men å avstå helt fra å berøre noen kontroller i løpet av en utfordrende etappe tildeler en "hemmelig bonus" som varierer i verdi fra 10 000 til 25 000 poeng, og lik den "spesielle bonusen" som ville blitt tildelt for å ødelegge alle førti fiendtlige romvesener i stedet. Galaga '88 introduserer en rekke nye fiender og atferd. De fleste av disse spesielle fiendene er verdt varierende mengder bonuspoeng når de blir ødelagt. Noen fiender kan kombineres til større fiender som tar flere treff for å ødelegge, mens andre ankommer i egg, eksploderer i en dusj av fyrverkeri, vokser med flere treff, eller sportsrustninger som gjør dem uovervinnelige mens de er i formasjon. Enkelte fiender slipper små formasjoner av bittesmå skapninger som vrir seg nedover skjermen, og atter andre kan fungere som eskorte til innkommende grupper av fiender og deretter raskt dykke mot spilleren før de forlater spillet. De fleste stadier inkluderer også ulike hindringer som dukker opp når fiendens formasjon er satt sammen. Disse kan ødelegges med enten ett eller flere skudd, og det første på hver scene vil etterlate en "Warp Capsule". Ved starten av spillet kan spilleren velge hvor mange Galaga-stjerneskip som skal starte med (ett eller to), noe som påvirker antall gjenværende liv. Spillet avsluttes etter at den endelige sjefen er beseiret (eller når spillerens siste skip er ødelagt eller tatt til fange) - i sistnevnte tilfelle kan spilleren fortsette spillet for en ekstra kreditt. Game Over-skjermen viser spillerens treff-miss-forhold og en visuell representasjon av deres fremgang. Hvis spilleren når trinn 27, viser spillet også et bilde av den endelige sjefen (skadet hvis de blir beseiret, men silhuett hvis ikke). Hvis arkadeoperatøren har satt "fortsett"-alternativet til "på", kan spilleren heller ikke fortsette hvis han blir beseiret på trinn 27-29.