Bahamut Lagoon kombinerer rollespillmekanikk med lagbasert kamp. Karakterer har HP, MP (SP for fighter-karakterer), EXP, utstyr, statistikk og klassespesifikke, SP-drenerende spesielle elementære evner, veldig mye som tradisjonelle konsoll-RPGer. Spilleren kan utforske omgivelsene sine, snakke med folk og besøke butikker når han ikke er i kamp, ​​men i begrenset grad siden det ikke er noe verdenskart og ingen måte å forlate det gjeldende området. Spillets kjerne er dets turbaserte kamper utkjempet på et 2d rutenett. Karakterene er satt sammen til partier på fire, og spilleren tillot maksimalt seks partier, som vanligvis er i undertall. De to motsatte sidene handler i vekslende svinger slik at hver part kan bevege seg én gang og/eller angripe én gang i svingen. Angrep er delt inn i fjern- og nærkamp. I førstnevnte bruker et parti en spesiell evne (f.eks. å kaste ildkuler, kaste lyn, helbrede allierte) hos et av medlemmene på avstand. Rekkevidden og mulig skadeområde varierer etter evne. Hvis den angripende parten har to eller flere karakterer med samme evne, blir de med i handlingen for å multiplisere effektiviteten. Fjernkamp resulterer i mindre penger og generelt mindre skade, men målet kan ikke gjengjelde. Fjernangrep kan også påvirke feltet; brann og is tenner eller slukker skog og smelter eller fryser is osv. Nærbilde, hver enhet i to tilstøtende motparter kan handle én gang. På samme måte som Final Fantasy SNES-kamp, ​​kan de angripe en fiende, bruke en gjenstand eller en spesiell evne (selv om disse ikke kan kombineres og de fleste bare påvirker ett mål i stedet for alle) eller forsvare. Drager er spillerens ess i hullet. De har sin egen statistikk og får erfaring som vanlige karakterer. I kamp har hver part en drage knyttet til seg og henter en stor del av sin styrke fra sin drage: hvis en parts drage blir drept, vil partiet miste evnen til å bruke spesielle angrep og klassespesifikke evner for resten av kartet. Beistet fungerer som en veldig kraftig autonom enhet som beveger seg etter at partiet gjør det, og det kan ikke kontrolleres utover veldig enkle kommandoer, f.eks. "Komme!" Ut av kamp vil drager spise hva som helst, og å oppdra dem ved å mate dem med gjenstander er en viktig del av spillet. Fôring kan forbedre statistikken deres, samt påvirke oppførselen deres på banen, og dragene utvikler seg til nye former etter hvert som de vokser. Spilleren kan endre karakterene i hver av partene, deres formasjon samt hvilken drage som representerer dem etter eget ønske.