Metal Marines er et isometrisk strategispill. Når han kontrollerer den ene siden av en konflikt, må spilleren føre en kampanje på tvers av flere øyer for å beseire Zorgeuf og løytnantene hans. Spilleren kontrollerer logistikken til basen for å sikre at det er de nødvendige eiendelene for å føre krig. På hvert kart plasserer spilleren tre underjordiske kommandobaser, hvis alle disse blir ødelagt er slaget tapt. Spilleren må administrere ressursene til pengene sine for å bygge nye bygninger eller oppgradere eksisterende fasiliteter på kartet. Ulike bygninger inkluderer energianlegg, fabrikker, økonomiske sentre, radarsystemer, luftvernmissiler, falske bygninger og falske HQ-baser, minefelt, pistolkapsler, rakettutskytere, marineopphengere av metall og til og med ICBM-er. Når som helst kan spilleren bestille et angrep og velge hvilke eiendeler som skal skytes mot motstanderen. Missiler, Metal Marines-fartøyer og ICBM-er bruker alle forskjellige nivåer av drivstoff. Metal Marines når de først er utplassert i et område, vil automatisk skyte med rifler mot nærliggende mål eller engasjere seg enda nærmere mål i nærkampangrep. Gunpods, mens de står stille, vil også skyte mot fiender i nærheten. Metal Marines er stort sett autonome, men kan styres manuelt i mindre grad (retningsbestemt) av spilleren.