I et år har byen vært stille, men en ny robotterror har grepet byen! Den utspekulerte forskeren, Dr. Cossack, har ankommet byen med åtte nye metallgalninger som er større og dårligere enn noe Dr. Wily drømte om. Det kommer til å bli et kybernetisk oppgjør når gatene i byen bryter ut med de sydende lydene av smeltet metall! Bevæpnet med den nye Mega Buster, løper, hopper og unngår Mega Man seg gjennom labyrinter av metalliske munchkins på vei til den sibirske citadellet til Dr. Cossack for det siste katastrofale sammenstøtet!