I Ultra Pixel Survive befinner du deg i en pikselverden der en ung fyr ved navn Thomas bor. I dag skal han på reise over landet, og du skal være hans selskap. På skjermen vil du se karakteren din på et bestemt sted. Ved å bruke kontrolltastene vil du lede helten din fremover. På veien hans vil det være forskjellige feller og farer som han må overvinne med din veiledning. Noen ganger kan karakteren møte monstre og ville dyr, som du kan ødelegge ved å bruke forskjellige våpen fra karakterens inventar.